顺治九年(1652年)达赖五世到北京朝见清世祖,被封为西天大善自在佛领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。康熙二十一年(1682年)达赖五世逝世,领主第巴桑结大权独揽,支持准噶尔汗噶尔丹向喀尔喀进攻,阻挠清军进攻噶尔丹。
平定准噶尔部后,桑结阴谋败露,遭到清廷斥责。桑结不得不拥立达赖六世。藏王拉藏汗反对桑结擅权,桑结杀拉藏汗不成,又想驱逐拉藏汗。康熙四十四年(1705年)拉藏汗杀桑结。康熙五十六年准噶尔汗策妄阿拉布坦派军队入侵西藏,拉藏汗向清廷告急,清朝派安西将军率兵援救,全军覆没。康熙五十九年(1720年)清军击败准噶尔军队,清廷敕封达赖七世,并护送入藏,任命康济鼐为藏王,共同治理西藏。
雍正四年(1726年)清廷议定在西藏设置驻扎大臣,直接监督西藏政务。次年,大学士僧格、副都统马拉以首任驻藏大臣身份奉命赴藏,加强中央对西藏的治理。
乾隆十五年(1750年)驻藏大臣副统傅清、左都御史拉布敦被杀,清廷命四川总督策楞、提督岳钟琪率兵平叛。随后改革西藏政治与宗教制度,提高驻藏大臣地位,确定达赖喇嘛为宗教首领兼政治首领,受命于中央,废除藏王制度,实行驻藏大臣、达赖、班禅“互参制”,达赖管理康(喀木)、卫(前藏)两地,班禅管理藏(后藏)、阿里两地。乾隆五十七年(1792年)清军击退英国指使的廓尔喀侵略军,驻藏大臣的权力进一步加强。此后实行金瓶掣签制,解决大农奴主操纵达赖、班禅的转世问题,要在驻藏大臣监督下当众抽签认定。
清朝把统一的多民族国家发展到一个新阶段,奠定了汉唐盛世都难以比拟的疆域,功不可没。

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