明末,蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部。清初,漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古全归顺清朝。
漠西厄鲁特蒙古,元朝时称卫拉特蒙古,明朝时称瓦剌蒙古,据有阿尔泰山以西、天山以北,直至巴尔喀什湖东岸。它分为四部:和硕特部(乌鲁木齐附近)、准噶尔部(伊犁附近)、杜尔伯特部(额尔齐斯河流域)、土尔扈特部(塔尔巴哈台附近)。清初,准噶尔部渐强,准噶尔汗噶尔丹(曾在西藏做喇嘛)于康熙十六年(1677年)统一了四部,之后又越过天山,统一了回部,天山南北全归噶尔丹控制。他为了进一步控制漠北喀尔喀蒙古,发动了战争,在占领漠北后又进兵漠南。康熙二十九年(1690年)噶尔丹在俄国支持下率兵两万余,以追喀尔喀为名攻入漠南蒙古乌珠穆沁一带,又乘势渡过西拉木伦河,兵锋抵达乌兰布通(赤峰附近)。
这一动向引起清圣祖的密切关注,为了维护国家统一,他在康熙二十九年、三十五年、三十六年三次率军亲征,取得乌兰布通、昭莫多战役的大胜。俄国看到形势逆转,拒绝了噶尔丹提出的建立军事同盟的建议。走投无路的噶尔丹在清军围困下,于康熙三十六年(1697年)三月服毒自杀。
噶尔丹死后,其侄策妄阿拉布坦继承准噶尔汗,与清朝对抗,一度控制了西藏、青海、喀尔喀。经过雍正时期的连年征战,继之以乾隆初年的征战,准噶尔在西藏、青海、喀尔喀的势力已陆续肃清。乾隆二十年(1755年)清朝军队攻占了准噶尔部的根据地伊犁,两年后,准噶尔部的叛乱终于平定。清朝随即在新疆天山北路派驻伊犁将军、乌鲁木½都统、塔尔巴哈台参赞大臣,又在外蒙古、唐努乌梁海设乌里雅苏台副将军、科布多参赞大臣。
新疆天山南路信仰回教的维吾尔族居住区,当时称为回部,清朝平定准噶尔部后,原来被准部俘虏的大小和卓木返归回部,举兵反清。乾隆二十三年(1758年)清朝军队进入回部,于乾隆二十五年统一了天山南路的回部,随即在喀什噶尔设置参赞大臣,统属于伊犁将军。

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